Merukimon
Dieses Digimon befindet sich auf dem Mega-Level und stellt sich anfangs als Gegner von Marcus und den anderen dar. Es hatte damals mit Spencer Damon, Marcus‘ Vater, einen Pakt geschlossen, dass Digimon und Menschen bald friedlich miteinander leben werden.
Zudem war er damit einverstanden, dass Frigimon Keenan aufziehen darf, obwohl es Menschen verabscheut. Als später Kurata auftaucht, kämpft er mit dem DATS Team gegen ihn und sein Gizmon, da es erfährt, dass dieser Mann am Krieg zwischen Mensch und Digimon Schuld hat, doch wird er dabei tödlich verletzt.
Kennan hat ihm bedingungslos vertraut und für ihn gekämpft, während Gotsumon skeptisch wurde und teilweise auf eigene Faust handelte und sich anschloeßend SaberLeomon anschloss.
- Synchronsprecher: Gerald Paradies
SaberLeomon
SaberLeomon sieht die Folgen der ersten Menschengruppe, die in der Digiwelt waren. Es fühlt, dass Merukimon nicht durchsetzungsfähig genug ist, um die Menschen endgültig dafür büßen zu lassen, und deshalb schreitet es selbst zur Tat und greift die Menschenwelt zusammen mit anderen Digimon an.
Wegen seiner Kraft und seines Selbstbewusstseins wechselte Gotsumon für kurze Zeit auf seine Seite, doch durch Gizmon, Kuratas selbst erschaffendes Digimon, und durch Marcus und Rizegreymon stirbt es.
- Synchronsprecher: Frank Muth
Akihiro Kurata
Kurata war damals Mitglied des Forschungsteams, um Keenan zu finden. Er hatte Daten gefallener Digimon gesammelt und eine seelenlose Armee aus Digimon, genannt Gizmon, geschaffen. Er befehligt die Gizmon, um die Digiwelt zu zerstören.
Und das besondere der Gizmon: Sie sind äußerst stark und wenn sie ein Digimon töten, wird es nicht wiedergeboren. Er kann DigiSoul benutzen, um die Gizmon zu Gizmon AT und dann zu Gizmon XT digitieren zu lassen.
- Synchronsprecher: Eberhard Prüter
Kouki Tsubasa
Dieser Junge wurde von Professor Kurata für sein Tamer-Team ausgesucht. Im Vergleich hat er die gleiche Rolle in seinem Team wie Marcus, denn er ist genauso aufbrausend und entschlossen wie er. Wenn Kouki digitiert, wird er zu BioThunderbirmon und dann zu BioDarkdramon.
- Synchronsprecher: Kim Hasper
Nanami
Das Mädchen wurde von Professor Kurata für sein Tamer-Team ausgesucht. Im Vergleich hat sie die gleiche Rolle in ihrem Team wie Thomas. Sie ist so intelligent wie er und wenn sie digitiert, wird sie zu BioChoatlmon und danach zu BioLotusmon.
- Synchronsprecher: Tanya Kahana
Ivan
Dieser junge Mann wurde wurde von Professor Kurata für sein Tamer-Team ausgesucht. Im Vergleich hat er die gleiche Rolle in seinem Team wie Yoshino. Wenn er digitiert, wird er zu BioStegomon und danach zu BioSpinomon.
- Synchronsprecher: Tilo Schmitz
Yggdrasil alias Yggdramon
Nachdem Spencer Damon nach der Expedition in der Digiwelt zurückblieb, machte er sich auf die Suche nach Yggdrasil, dem Gott der Digiwelt. Jahre später hatte er ihn mit Bantyoleomons Hilfe gefunden, doch zur gleichen Zeit wurde die Digiwelt von Kurata und seinen Gizmon angegriffen. Deshalb war Yggdrasil der Überzeugung die Menschen seien schlecht.
Es wollte, dass die Royal Knights Spencer umbringen, doch Bantyoleomon opferte sich, sodass Spencers Seele in Bantyoleomons Körper weiterleben konnte.
Als Marcus und die anderen auf Yggdrasil treffen, um mit ihm zu reden, stellen sie fest, dass es Spencers Körper übernommen hat. Marcus glaubte erst seinen Vater vor sich zu haben, doch Bantyoleomon erklärte alles.
Um Yggdrasil zu vernichten, will sich Bantyoleomon opfern, indem es den Gott festhält und Shinegreymon beide vernichtet. So geschieht es auch. Doch danach erwacht Yggdrasil als Yggdramon wieder und versucht die Menschenwelt endgültig zu vernichten. Später wird klar, dass Yggdrasil der Computer war, mit dem alle Lebensformen in der Digiwelt nach seinem Willen kontrolliert werden sollten.
Agumon vollzieht eine Pseudo Burst Digitation und kann so mit Marcus Yggdramon vernichten. Dadurch taucht Yggdrasils wahres Aussehen auf: Eine Kristall-Figur in Form einer Frau. Nachdem Marcus auch diese Form von Yggdrasil mit einem Faustschlag zerstört, erscheint es nochmal als Kristall vor Marcus und Agumon. es will verstehen, warum sie so für eine Welt kämpfen, wo alle zusammenleben können. Friedlich. Bevor es in eine Art Winterschlaf fällt, belebt es Spencer Damon wieder und sagt, dass es gerne sehen möchte, wie sich die Dinge entwickeln werden.
- Synchronsprecher: Karin David